Капелла Бельведера, собственноручно, как это явствует из писем, расписанная Мантеньей, была безжалостно разрушена в XVIII в. по распоряжению одного из пап, расширившего за ее счет музей Бельведера. Сведения о ней сохранились у Вазари и в старинных описаниях Ватикана.

Фрески, которыми Мантенья расписал капеллу, изображали Иоанна Крестителя и мадонну с коленопреклоненным перед ней папой Иннокентием VIII. Сюжетные композиции были окружены богатыми декоративными орнаментами, в которых обычные для Мантеньи гирлянды фруктов, зелень и развевающиеся ленты перемешивались с предметами церковной утвари. Над окнами были написаны аллегорические фигуры добродетелей. Купол Мантенья оформил как свод беседки из увитых зеленью прутьев, среди которых резвились путти. В своде окна над алтарем, в обрамлении из лавровых веток, была помещена гофротара , гласившая, что фрески написаны в 1490 г. графом палатинским и рыцарем Андреа Мантиниа. Здесь единственный раз Мантенья подписался своими дворянско-придворными титулами, вероятно, из гордости, стремясь показать папскому двору, где титулы ценились выше талантов, что он и в этом отношении не уступает высокомерным аристократам.
Вазари пишет о росписи Мантеньи: «Он исполнил эту работу со старанием и любовью настолько тщательно, что своды и стены производят впечатление скорее миниатюр, чем живописи: самые крупные по размеру фигуры изображают св. Иоанна, который крестит спасителя, а вокруг – людей, совлекающих с себя одежды и обнаруживающих свою готовность принять крещение. Среди прочих – один, который, стараясь снять чулок, приставший к потной ноге, выворачивает его наизнанку, прижав его к голени другой ноги, с таким трудом и напряжением, что и то и другое ясно выражается на его лице; эта смелая вещь вызвала в то время большое удивление у тех, кто ее видел».